Kalem kağıt düşünürken yazmak (ya da düşünmek için yazmak) için bence çok faydalı oluyor. Dolmakalemler bu konuda bence özellikle iyi.
Ama kalıcılığı olması gereken bir şeyse; not alınacaksa, kurgusal bir şeyler karalanacaksa ben bilgisayarda yazıyorum. Genelde markdown formatında yazıp git ile takip ediyorum (vaktiyle açtığım ilgili başlığın reklamını da yapayım). Bir kaç farklı çözüm denedim bu konuda, en memnun kaldığım yol bu oldu.